המוזיאון מוקדש לסיפור המאבק על זכותנו לעלות לארץ-ישראל והקמת הכוח הימי שלימים הפך לחיל הים. פרשת מאבק המעפילים והיישוב, שהייתה אחת מאבני הדרך להקמת המדינה, מוצגת במסמכים היסטוריים, קטעי עיתונות, צילומים, דגמים וחזיונות אור-קוליים.
מפת נתיבי ההעפלה ממוחשבת וייחודית, מאפשרת לעקוב אחרי דרכן של אניות ההעפלה ולחזות את סיפוריהן. אניית ההעפלה "אף-על-פי-כן", מוצבת במוזיאון ומשמשת כמוצג אור-קולי בשם "מחוף לחוף".
אגף מיוחד מוקדש לתולדות חיל הים מאז הקמתו. בתצוגה: צילומים, תעודות, תרשימי קרב, דגמי אניות, מוצגים מקוריים, נשק ואמצעי לחימה ימיים.
ספינת הטילים אח"י 'מבטח' והצוללת אח"י 'גל' המוצגות במוזיאון ופתוחות לקהל.
שעות פתיחה: ימים א' – ה' 16:00 – 10:00
מחיר כרטיס כניסה: מבוגר – 15 ש"ח, נוער, סטודנט, גמלאי – 100 ₪